我國的兒童健康相關學協會是從中華民國小兒科醫學會開始，由魏火曜、陳烱霖、陳烱暉及吳物典等人於1960年兒童節發起，齊集於國立台灣大學醫學院大禮堂成立，為從事兒科醫療、教學及研究、發行專業雜誌、參加國際小兒科醫學會，至今55年，仍是重要的兒童醫療專業學會。而中華民國兒童保健協會，則是陳烱霖及呂鴻基等人於1979年發起成立，為促進台灣兒童健康與福祉舉辦研討會，並發行雜誌，至今37年。此間，我國兒童的醫療及保健之發展與進步相當良好，但與歐美、日本等先進國家相比，仍有落後值得努力之處。
有鑒於我國少子化嚴重，讓婦女總生育率2010年下降至0.91，是全世界最低的國家。呂鴻基、張美惠、吳美環、邱南昌、林志嘉、馮燕、李孟智、何素秋及吳春福等人，於2011年4月共同成立「台灣兒童健康聯盟 （Child Health Alliance Taiwan, CHAT）」，呼籲政府及社會重視兒童的權利、健康與福祉，並發表「台灣兒童健康六點宣言」：
1兒童是國家未來的主人翁。
2在嚴重少子化的今天，除了鼓勵生育，也應加強兒童的健康、保護與安全。
3每一個孩子都是寶貝，要給予兒童最適當的成長環境。
4國家對於兒童的醫療與保健有義務。
5我們要呼籲政府與社會重視兒童，優先提供兒童醫療及福利。
6我們願意結盟成立「台灣兒童及青少年健康聯盟」，為我國兒童發聲，確保國家存立的基礎。
聯合國已於1989年通過「兒童權利公約」（United Nations Convention on the Rights of the Child），雖然我國不是會員國，但有鑑於維護兒童權利，立法院王育敏、江啟臣、李貴敏及蕭美琴等28位委員於2014年3月提案，建議政府將聯合國兒童權利公約國內法制化，獲立法院三讀通過，隨之馬英九總統簽署公布，自2014年11月20日世界兒童人權日起，正式施行。
同時聯合國兒童基金會（UNICEF） 於2007及2013年鄭重呼籲兒童的可展性（malleability）最佳、受政策影響（policy susceptibility）最大，是生命歷程（life-course）中最關鍵的時刻，同時，發表兒童的健康福祉（child well-being）有六個面向（Dimensions），包括：物質（Material）、健康與安全（Health and Safety）、教育（Educational）、家庭與環境（Family and Peer relationships）、行為與危險（Behaviors and Risks）及主觀幸福感（Subjective）及36個可以量化的兒童指標（Child indicators），建議已工業化的先進國家應該要努力研究兒童的健康幸福指標，國家之間互相做比較，檢討每一個國家是否還有改善的空間，以降低可預防的疾病及死亡。因此台灣兒童健康聯盟乃於2012年4月成立兒童指標研究委員會，蒐集我國兒童的健康福祉33個指標的資料並與OECD國家比較，已於2014年6月出版 （詳見：「台灣兒童健康幸福指數（Taiwan Child well-being Index）」。
有鑑於中華民國兒童保健協會與台灣兒童健康聯盟宗旨相同，因此促成兩會攜手共同為我國兒童健康一起努力，合倂中華民國兒童保健協會與台灣兒童健康聯盟為「中華民國兒童健康聯盟」，共同為我國兒童發聲。這個程序經過台灣兒童健康聯盟共同召集人多次討論，於2014年12月聯盟代表大會通過；而中華民國兒童保健協會理監事也多次討論，並於會員大會決議通過修改章程，付諸行動，並報請內政部，已獲內政部正式通過。中華民國兒童保健協會及台灣兒童健康聯盟會員，自動成為中華民國兒童健康聯盟會員。在此，也歡迎關心兒童健康福祉，認同本聯盟宗旨的個人與團體加入，一起為兒童創造更好的幸福與健康！